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然而进攻只持续了不到半个小时就结束了，总基地的发展速度是超乎想象的，尤其是系统科技与安LAN科技结合之后。飞行器制霸领空，改造后的高阶兵种以一敌百，加上基地各种五花八门的守城武器，当然，还有强大几乎能应对各种场景的法师们。
因为何以居和商九辕都没在，总基地将人抓起来看押，打算留后处置。
被抓的那人满目都是仇恨，与孟解真的是两种完全不同的性格，基地几次尝试沟通，都被他无差别的喷了回来，气的基地人员想打人。任优优也去看过一次，这个女孩一直在为基地的发展而努力，更是何以居的忠实粉丝。
结果可想而知，那人喷人还没喷完，就被任优优打的鼻青脸肿，后来还是任优优的老公来了将人拉走。看守人员不禁唏嘘，想当初任优优队长是多么温柔一个人啊。
何以居从电话中得知了基地的消息，得知没什么损失，还缴获了一大批资源之后也就不担心了，同商九辕一起抵达白鹿山脉。
白鹿山脉经过一年，白□□域已经消退了很多，山里面活跃着很多生灵。阳春，柳白，白雪还生活在一起，那株柳白化成的骨兰生长的极快，用不了几年就能化形的样子。白雪热情的嘎嘎嘎欢迎着何以居，阳春一如既往的包容温和。
老朋友相逢总是让人愉悦的，在白鹿山上，甚至让商九辕都暂时忘掉了忧虑。何以居更是惊喜的在一处山谷发现了一大片白菜地，阳春说是白雪从四处搜集来种子，然后一颗一颗种下的。
白雪被何以居抱着一通蹭，蹭的鸟毛都要掉了，直到小企鹅有些嫉妒的从衣兜里爬出来，用小翅膀推开乌鸦。并且回身抱住何以居的脸颊，表明所有权。
白雪看企鹅有些懵，随后开始嘎嘎嘎狂笑，大概是从来没有见过这样的鸟，气的小企鹅都要干架了。倒是阳春看着小企鹅若有所思，最后告诉何以居，自己似乎刚来这个世界的时候，意识在朦胧中见过企鹅仔。
虽然阳春没能提供更多的信息，但何以居依旧很开心。两人在白鹿山呆了三天，这才辞别，动身返回总基地。
总基地一如既往的和谐，发展飞速，安全舒适，在这暗黑大陆，简直像个世外桃源。
喷子先生被关了数天，此时也有些精神不济，不过当听到看守人员聊天说到指挥官回来时，瞬间又精神抖擞，一副随时准备开战的模样，结果等啊等，等了小半个月，也没有人来见他。喷子先生终于忍不住询问看守人员如今的情况，看守人员十分好脾气的安慰他：“别怕，肯定是指挥官又忘了。”
于是喷子先生努力安下心来继续等了半个月，仍旧没有等来商九辕或何以居，忍不住再次询问看守人员，看守人员告诉他，指挥官和指挥官又出去度蜜月了。
喷子先生“……”
看守人员继续安慰：“不用担心，没人提醒的话，指挥官这辈子都不会想起来的，所以你就安心的在牢房里渡过余生吧。”
喷子先生并不安心，他总想着搞事，他坚定的告诉自己，这只不过是商九辕，何以居在同自己打心理战，自己不能认输。直到几年之后，喷子先生嚎啕大哭，终于认识到当初的自己还是太年轻。
这边，商九辕与何以居如约前往母河海底探望双子星河，乘坐潜水艇，两人很快来到了海底基地，从那里，两人得知了两只企鹅仔的真实身份。为了维持生态球最初的生态稳定，安LAN人创造了三个管理者，最高级别的管理者就是双子星河，他生活在南北交界处，负责管理中部大循环。
另外两个管理者分别管理南北两半球，管理两半球无法移动的主框架，维持生态平衡和稳定。对照三个管理者，分别建造了三个基地，即海底基地，南北两基地。
但是还没等把两只企鹅仔送到南北两基地，生态球就遭遇了入侵者攻击，所有智慧生命全部通过次元门前往了地表，于是企鹅仔就陪着双子星河留在了海底基地。
双子星河还说，小企鹅可以感受他人心中善恶，从而判断南北半球生活的生命，避免出现极端破坏者，两只企鹅仔不单单是钥匙，更是管理者和平衡者。
听到这里，何以居想起了不久前阳春说过似乎见过小企鹅的话，而阳春身为山神，同样拥有感知他人善恶的能力。也许，白鹿山能转换时空来到这里，并不是偶然。
这一次，两人在海底基地停留了略长的时间，七天之后才重新返程。双子星河送别了两人，依旧是那副不谙世事的样子，依旧执着的等待着00931舰队和舰队队长。
回程中再次路过那只巨大的章鱼化石，商九辕不知突然想到了什么，却什么都没说，只是将何以居送回了基地，并且煮了很多很多白菜鱿，然后连续几天种了一大片小白菜，确定白菜苗冒芽之后，又给了何以居一枚空间戒指，“蜗蜗，我出门一段时间，你的壳要留在基地不方面移动，出门的时候物资就暂时放在戒指里吧。”
何以居拿着戒指，询问道：“君君什么时候回来？”
“很快。”说着闻了闻何以居的额头，又亲了亲何以居的嘴唇，这才离开。
只是何以居没想到，这个很快其实一点都不快，当冬雪再一次覆盖暗黑大陆，何以居意识到了什么。
总基地众人就只能这么无力的看着自家指挥官一天比一天沉默，一天比一天站在基地门口的时间长。
商九辕失踪之后，何以居的生活变得无比规律，似乎他曾经也这样渡过了很长一段时间。只是他每天都会在基地门前等很久，希望能看到商九辕回来的身影。
第二年春天，总基地开始飞速发展，小型城池最终在这一年变成了大型城池，系统科技与安LAN科技的碰撞融合开辟了另一条全新的科技线。AI甚至都在PDK的帮助下有了身体，可以离开北部基地，并且也在逐步觉醒智慧。
在暗黑大陆这个特殊的环境之下，多种文明和科技的碰撞，让暗黑大陆走出了一条截然不同的路。
超级感染体的数量越来越多，但何以居的科技已经开始向外辐射，除了定期清理变异体和超级感染体的小队，从总基地流出的大量新型武器开始在暗黑大陆流通。
奇迹商队赚的盆满钵满，当然，何以居自己的商队也发展的非常不错。在这一年的秋季，何以居解锁了指挥中心的天赋，并且成功建造了第一个指挥中心，拿回了自己的充当指挥中心的壳。
何以居再次成为了一只有壳的蜗牛，摸着手上的空间戒指，低低叹息了一声。
这一年的冬季，总基地的居民有些炸锅了，因为他们的第二个指挥官也失踪了，当然，何以居离开之前留了信件，并且带走了【科技发展基地】建造的深海潜艇。
众人猜测他可能去了母河，只只是凛冬将至，他们不能离开去寻找，更何况他们还要再建造一艘潜水艇。
何以居虽然离开了基地，但新建造的指挥中心已经让基地完全可以自由发展。这大概就是基地发展到最终的模样，指挥官只是基地的引导者，并非领导者和掌控者，当有一天基地真的独立生存在暗黑大陆，那大概就意味着，指挥官的任务结束了。
至于何以居，则顶着风雪来到了母河，母河的河水格外冰冷，何以居还是走了进去，等走到足够深度便放出了潜水艇。在企鹅仔的帮助下设定航线，而目标就是巨型章鱼化石所在的那个无底悬崖。
“仔仔，爸爸带你去找另一个爸爸，然后罚他种一辈子白菜！”何以居摸着小企鹅的脑袋，小企鹅用翅膀抱住了何以居的手，回以安慰。
潜艇沿着海底裂缝，渐渐隐没在黑暗之中，沿着巨大的章鱼触角化石，何以居完全不担心迷路。再一次停留在巨大章鱼化石的附近，感受着深海巨兽的庞大。这只作为框架支撑的庞大生物，静静沉睡在深海悬崖的边沿，一半在深渊，一半在海底。
“这里应该就是次元门了，庞大到足够贯穿两个世界的生物，只是我们要从哪里进去？”何以居虽然反应迟钝，但他用了一年多的时间来仔仔细细回忆商九辕失踪前的点点滴滴，结合手机中查到的资料，最终确定，这里应该就是商九辕失踪前来的地方。
小企鹅用小翅膀摸了摸自己的嘴，然后指了指深海巨兽。何以居眉头一皱，“我们真的要进到它的嘴里吗？它不会突然活过来吧！”
小企鹅歪着脑袋思索片刻，然后叫了一声。
何以居虽然听不懂，却还是设定好航线，任由潜艇驶向黑暗，在找到巨兽的嘴之后钻了进去。
接下来就是一片漆黑，潜水艇的灯光也只能照射几米远的位置，似乎光线都被吸收了。在这种环境下前行是需要极为强大的心理的，否则时间一长，就容易精神崩溃，更何况你还在一只巨兽的肚子里。
何以居抱着企鹅仔一言不发，身体有些发僵，他感觉到了一阵阵的眩晕，似乎大脑中有什么要破茧而出。强烈的恐惧让他整个人都开始颤抖起来，小企鹅发现了他的异常，开始疯狂的叫了起来，并且在何以居怀里折腾，希望能唤醒何以居。
但小企鹅的声音在何以居的脑海中越来越远，越来越小，最后什么也听不见了，他仿佛被封闭了五感，他沉浸在一片沉沉的死寂之中，又或者他已经死了，这就是死亡后的世界。
想到这里，何以居竟然没有那么害怕了，甚至开始考虑，自己死亡之后，找到商九辕的几率有多大。
他的脑海中开始缓慢的拨弄小算盘，想着商九辕如今可能的情况，想着自己在黑暗中找到他的可能性。
突然，一束微弱的光线投射了下来，企鹅仔熟悉的叫声在耳边响起，何以居睁开了眼睛，发现自己正躺在潜水艇的地板上，小企鹅正伸着小翅膀搭在他的额头上，似乎在检测他的体温。看到他醒了，小企鹅高兴的扑了上来，拼命的蹭着何以居的脸颊。
坐起身来，一手捞起小企鹅，何以居向潜艇外望去，发现潜艇竟然浮出了水面，虽然光线有些暗，但确实是自然光！但潜艇不是一直向下的吗？所以只有一个可能，他成功穿过了次元门。
脑袋一阵剧痛，一大堆记忆炸开，然后又重新蜂拥回大脑，何以居忍不住哼了一声。过了许久这种感觉才平复下来，睁开眼睛望进小企鹅的那双担忧的眼睛，低头亲了一口。“别怕，走，我们去找爸爸。”
小企鹅听此立刻斗志满满的叫了一声，小翅膀一指外面，似乎说出发。
根据潜艇检测，外面有空气可以呼吸，不过氧气含量较低，建议佩带供氧装置。何以居十分听话的往灵府中装了许多，这才从潜艇中出来。外面的温度很低，为如若的光芒从遥远的一道缝隙中透过来，扣上面罩，呼吸瞬间顺畅了很多，再给自己配一套防寒服，揣好企鹅仔，将潜艇收进灵府，就向着光源进发。
等走到光源附近，何以居这才发现这里是一处山体裂缝，横向裂缝，外面的光芒从裂缝透露进来，山体内部是个巨大的空洞，自己浮上来的地方是个地下河。地下河很宽，水流无声平缓的流淌而过。
穿过山体裂缝，何以居来到了外面的世界。天空正中有一个太阳，只是很小，比地球上看到的月亮还小。天空是土黄色的，而且光线晦暗，这个世界很开阔，仿佛天空没有屏�