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2005年3月，“转基因事件”。就“转基因”产品是否对人类有害，与《中国青年报》记者刘县书展开论战。
2005年4月，云南大学演讲，直击“伪环保”人士。早前和环保人士展开“应否敬畏自然”大争论，方舟子坚持“人类无须敬畏自然”。
在一个成熟有效的学术机制建立之前，
中国无疑需要一大批更加理性、客观、公正的升级版方舟子
本刊记者 曾繁旭
科学还是强科学？
1998年，方舟子第一次回国，开始和国内一些学者陆续交往，后者觉得方是个有人文素养的科学主义者，“让人欣赏”。
但他们很快发现给方舟子下一个简单的定论是草率的，那些原本对他很有好感的学者开始重新审视了。北京师范大学哲学与社会学学院教师田松回忆，转折点是2001年，当时刘兵（清华大学科技哲学专业博士生导师）推荐一本讨论基因工程危害的书籍《美梦和噩梦》参选“年度科普佳作奖”，方得知后，给所有评委写信，认为该书是“伪科学、反科学作品”。该书最后落选。
此书后来在社会上引起争议。刘兵的硕士研究生柯志阳也加入论战，与方舟子等在“新语丝”上打了一场笔仗，而“方动辄以生物学的权威自居，认为柯志阳没有资格。批评柯志阳的文章，‘新语丝’正常发表；而柯志阳的反驳文章，方舟子只愿发表加上点评的版本。”田松说。
于是，田松给方舟子写了一封信《就此别过》，表示“不愿意再与方舟子有任何私下的来往，请方不要再给他的私人信箱发送任何邮件。”
“柯志阳曾给一些被方舟子视为主流的生物学家们发过电子邮件，询问他们对一些问题的看法，结果发现方舟子常常歪曲或者修改人家的本意。”
田松说，“在此之后，方舟子在生物学方面的科普文章我也不再相信，因为他会为了支持自己的观点去选择有利的证据，夸大乃至歪曲别人的观点。”
2002年10月，江晓原、吴国盛，刘兵，刘华杰、田松等学者在上海举办第一届“科学文化研讨会”，发表《科学文化宣言》，对科学主义提出质疑。方舟子的“新语丝”很快把这份宣言称为“反科学文化宣言”，同时把这些学者称为“反科学文化人”。此后不久，他撰文把“北大科学传播中心”称为“反科学传播中心”，今年又把“北大哲学系”称为“弱智系”。
田松认为，这批科学哲学工作者和方舟子的根本差别在于对“文明”和“科学”的认识不同。“方舟子代表的是当下仍有很强惯性的工业文明精神，而不是生态文明。他强调发展、强调以人为中心，以科学为武器对自然的征服和利用，把人类的生存和幸福建立在对物质世界的控制上。”
这批学者认为，应该为科学划定一些禁区，“强调人与自然的和谐，强调自然本身的价值，强调约束人的欲望”。
方舟子表示，“从来没有认为科学是万能的”，但“中国要真正实现现代化，科学理性必须成为社会思潮的主流。我很乐意为加速这个进程助其一臂之力。”方舟子说。
刘兵教授认为，“方舟子的科学观念，符合了主流意识形态对于科学的理解，这也是他受到欢迎的原因。他的盛行和我们社会对科学的崇拜以及偏颇理解有关系。”
“三不政策”
“他行文的语气，让人觉得他似乎永远站在一个正确的立场上，他掌握真理的标尺，所以他总是在宣判。”在刘兵看来，方舟子的惯用手法是迅速把话题意识形态化。把持有不同意见的人说成是，“反科学、反政府、反人类、用心险恶”，语气不容置疑。
“他常喜欢调查对手的资格，臆测对手的动机。如果你批评他的打假缺少程序正义，他就会说你拥护学术腐败。”田松说。
在相当长一段时间里，吴国盛、刘兵等学者在媒体上发表的关于科学禁区、科学负面效应等问题的文章，方都会予以批驳，但这些学者们奉行“不理睬、不接触、不反驳”的“三不政策”。直到2005年1月，方舟子和环保人士进行“应否敬畏自然”的论争，这批学者才又不约而同加入辩论。刘兵认为云南大学演讲是方舟子的转折点，“这样的发言将影响到这些代表社会良心的环保组织的发展。”
“方舟子从来没有和我们做学术上的讨论，我们一直被方舟子作为政治上的对手。”田松说。通过“正”和“反”的简单二分，方舟子似乎永远站立在一个科学和维护科学的立场上。
曾在《探索与争鸣》上发表《方舟子现象断想》系列文章的野鹤，也曾撰文认为方舟子“宣扬强科学主义，主张树立科学的绝对权威，竭力诋毁人文学界”。这一系列文章导致了《探索与争鸣》与方舟子的对簿公堂。
多数情况下，方舟子表现得真理在握。“我刊登过几次在事实细节上的失误。”方舟子说。
采访中绝大多数的学者则认为，方不止一次在打假中造成明显的错误，“比如‘新语丝’批评刘兵翻译水平拙劣的文章，里面的例句竟然不是刘兵本人写的，而是编造的。”田松说。而“新语丝”对前南开大学校长母国光院士和中科大郭光灿院士的打假，也被不少学者认为“打错了”。
“方说，如果认为他的打假有误，可以向他提出申诉，事实上，也的确有人申诉过，但方舟子经常要加上批注，把对方继续丑化一番。比如他对汪丁丁就是这样。”田松说。
方舟子对自己的形象相当维护。“因为‘新语丝’是同仁网站”，选择刊登怎样的文章带有很强的自主性，于是绝大多数情况下，方舟子是“新语丝”上论战的最后胜利者。
田松认为，很多时候方舟子实行着双重标准：在争论生物问题上要求对方专业，而在其他学科的问题上却忘了自己不是该专业的专家。这也导致一些网友评价他喜欢搞“出身论”。
采访过程中，很多对方舟子有一定了解的学者表示不愿意接受采访。环保人士汪永晨只说一句话，“我不想对这个人做出任何评价。”
特有的“修辞手法”
即使是和方舟子发生过激烈争辩的学者也都认为，方舟子的存在有相当积极意义。薛涌这样评价他，“没有他，中国的学术腐败问题将严重得多。”
但是，他的声誉正在滑落。
他最为人诟病的是他的话语方式。“他告《探索与争鸣》，说野鹤损害他的名誉。可是方舟子以及新语丝上的文章，无论文风还是用词，你都能找到比野鹤更恶劣的。”田松说。
曾有网友根据方的文章整理出《方舟子脏话语录：一个文化流氓是这样炼成的》，文章提出方经常使用的词语包括……“鼠辈”、“弱智”、“白痴”、“奴才”、“傻妞”、“妄人”“泼皮”、“反科学”、“伪科学”等等。
方舟子强调，这样“读起来很爽，适合在网上传播”。但这样的语言风格常被人认为“语言暴力”和“****遗风”。文化学者朱大可曾经这样评价：“方舟子用以阻止学术腐败的，其实是一种滥用的话语暴力，他的逻辑是‘以恶抗恶’以寻求所谓‘正义’，这种古怪的信念，支配了部分互联网公众的头脑。”
“方的成功，不仅在于其响应了人们纠正学术腐败的渴望，也迎合了暴力话语的流行趋势。这个趋势的特征就是****话语在BBS上的大规模增殖和蔓延。”“这种话语方式是整个网络时代的选择。”朱大可断言。
方舟子用他特有的“修辞方式”，“重建科学秩序”。现在，他的打击范围越来越广，他的动机，也常常被大家质疑。方舟子认为：“打假不可避免会得罪人，打得越多，得罪的人也就越多，至于利，那更是无利可图。”
要英雄更要制度
这个通常被认为“偏执”的打假英雄无疑是当下中国的一个特殊现象。
“我有一个信念，我比较认同侠客之道，因为制度不健全，需要有侠客出来拔刀相助。”方舟子说，他喜欢别人叫他“少侠”或者“大侠”。
在中国的学术制度完善之前，个体英雄人物的出现，符合大家的期望。“但在一个法制社会，人们是不需要罗宾汉的。”刘兵说，“对英雄人物的依赖会妨碍有效机制的建立。这是更长远的危害。”
刘兵写了一篇文章《学术打假与法治观念》，说明打假应该由独立的国家机构进行。“而方舟子打假，一个人充当警察、检察官和法官多种角色。打错了怎么办？”
按照刘兵的看法：方舟子当下的危险在于，个人的英雄主义行为没有受到纠错机制的约束，没有程序的保障，信息的认定和发布完全依赖于个人品格，而由于过分的情感介入和独特的语言方式，都可能逐渐引起人们的反感，导致权威性丧失。
有批评者指出，从一开始，方舟子就打破了揭露者和裁判者之间的界限。他更应该是一个旁观者的角色，客观地告知。但也许过分单纯、也许把目的掩盖得很好的方舟子并不愿意做这样“四平八稳”的角色。
事实上，越来越多人已经对他的打假方式表示不满。也有人期待方舟子能改变他的方式，以保证他的效用。朱大可曾经这样说，“在一个成熟有效的学术机制建立之前，中国无疑需要一大批更加理性、客观、公正的升级版方舟子。”
我觉得民间几乎没有“真环保”。那些风头最健的环保主义者，基本上都是伪环保
我承认科学是有局限的
方舟子简历：
方舟子，本名方是民，1967年9月生于福建云霄。1990年中国科技大学生物系本科毕业，
同年赴美留学。1995年获美国密歇根州立大学生物化学博士学位。
本刊记者 曾繁旭 吴虹飞 陈磊
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